Uszkodzenia pompowtryskiwaczy mogą mieć różny charakter. Najczęściej zdarzają się usterki końcówek rozpylacza, zabrudzenia filtru w układzie zasilającym wtryskiwacz czy pęknięcia sprężyn. Ponadto sekcja tłocząca może stracić szczelność, obudowa urządzenia zostać zniszczona, a uszczelki poszczególnych elementów ulec wypaleniu. Głównym powodem przedwczesnych problemów z pompowtryskiwaczami jest tankowanie zanieczyszczonego lub kiepskiej jakości oleju napędowego, które potrafi zapchać wtryskiwacze, a nieprawidłowy skład mieszanki może doprowadzić nawet do zniszczenia końcówek wtrysku.

O przedwczesnym ujawnianiu się awarii w układzie wtryskowym decyduje także ciągła jazda na rezerwie. W takiej sytuacji skraplająca się w baku woda rozrządza niewielką ilość oleju napędowego, pogarsza jego właściwości oraz powoduje, że pompowtryskiwacze są słabiej smarowane i zacierają się. Wśród przyczyn awarii warto wymienić jeszcze niefachowo wykonany tuning silnika oraz naturalne zużycie niektórych elementów związane z dużym przebiegiem samochodu. Pompowtryskiwacze posiadają dwa rodzaje uszczelek – gumowe, są to oringi uszczelniające strefę wysokiego ciśnienia od niskiego oraz tak zwana termopodkładka, pierścień uszczelniający wtryskiwacz od komory spalania. Wszystkie uszczelnienia podlegają wymianie, jak również cewka zaworu, mocowania. Częste problemy podczas eksploatacji aut wyposażonych w silnik diesla napędzany pompowtryskiwaczami pojawiają się z gniazdami pompowtryskiwaczy, czyli miejscami w których pompowtryski są instalowane w głowicy. Ze względu na niedoskonałą konstrukcję mocowań, dochodziło i dochodzi nadal do wyrabiania się gniazd, a to poprzez nierówne rozłożenie obciążenia, a to przez drgania, na które narażona jest podkładka termiczna. Jeśli chodzi o postawienie diagnozy jak zawsze trzeba brać pod uwagę całościowo problemy z samochodem, ponieważ wiele podobnych objawów może wskazywać na różne usterki, jednak z typowych objawów można wymienić : problemy z odpalaniem na zimnym  lub ciepłym silniku, problem z obrotami na jałowym biegu, z kolei na wolnych obrotach samochód gaśnie, podejrzany dym z wydechu- czarny lub biały, ogólnie silnik nierówno pracuje, samoczynnie gaśnie .